La prospettiva dell'operazione di fusione fra uguali e con pari dignità tra la Banca San Paolo di Brescia con il CAB e l'adozione di un nuovo testo statutario per la nascente Banca Lombarda, comportarono un'attenta considerazione da parte del Consiglio di Amministrazione della Banca San Paolo in ordine all'individuazione delle modalità più opportune per mantenere, con i valori e le finalità etiche, gli interventi benefici che statutariamente avevano caratterizzato la San Paolo sin dalla sua origine.

A tal fine, nella seduta del 22 luglio 1998, il Consiglio di Amministrazione della Banca San Paolo di Brescia deliberò la costituzione della Fondazione Banca San Paolo di Brescia, approvandone lo statuto e attribuendole il compito di dare continuità alle ragioni ideali ed all'ispirazione originaria della Banca, per assicurare, con un nuovo strumento adeguato alla vigente legislazione, la cooperazione ad opere di beneficenza e di promozione morale, sociale e culturale nel territorio della regione Lombardia, con speciale profitto delle istituzioni cattoliche di istruzione della città e della provincia di Brescia.

In pari data, con rogito del dr. Luigi Mazzola Pancera di Zoppola Bona rep. n. 35848 e racc. n. 4632, il dr. Gino Trombi, munito di delega consiliare, costituì la Fondazione Banca San Paolo di Brescia, il cui primo Consiglio Direttivo, ai sensi dell'art. 15 dello statuto, era formato da: Gino Trombi, Giovanni Bazoli, Francesco Bettoni, Giulio Bisoffi, Giuseppe Camadini, Roberto De Miranda, Attilio Franchi, Francesco Lechi, Adolfo Lombardi, Giovanni Minelli, Giambattista Montini, Flavio Pizzini, Pierfrancesco Rampinelli Rota e Enrico Silvioli.

Il 29 luglio 1998 venne avviata, presso la Regione Lombardia, la procedura per il riconoscimento giuridico della Fondazione. Con delibera n. 38406 del 18 settembre 1998 della Giunta Regionale, venne riconosciuta la personalità giuridica alla Fondazione Banca San Paolo di Brescia.

La Fondazione, in data 14 ottobre 1998, è stata poi trascritta al n. 724 del Registro delle Persone Giuridiche presso la Cancelleria del Tribunale di Brescia.

Successivamente, in data 7 aprile 2001, è stata iscritta nel Registro delle Persone Giuridiche Private al n. 1221 presso la Regione Lombardia ed al Repertorio Economico Amministrativo presso l'Ufficio del Registro delle Imprese di Brescia al n. 433143.