Il 22 luglio 1998, nella stessa seduta in cui il Consiglio di Amministrazione della Banca San Paolo deliberò la costituzione della Fondazione, venne destinata alla stessa la somma di L. 1 miliardo, a valere sulle disponibilità del Fondo Beneficenza della Banca San Paolo di Brescia, quale fondo di dotazione iniziale.

Per dotare la Fondazione di un patrimonio in grado di assicurare nel tempo l'erogazione di fondi a sostegno di specifiche iniziative culturali e benefiche, l'assemblea straordinaria dei soci della Banca San Paolo di Brescia, in data 13 novembre 1998, deliberò di assegnare alla Fondazione una adeguata dotazione patrimoniale mediante l'attribuzione di una liberalità consistente nella somma di L. 50 miliardi.

La liberalità, dipendente e subordinata all'approvazione del progetto di fusione per incorporazione della Banca San Paolo di Brescia nel CAB, regolarmente approvato dalla San Paolo con la citata Assemblea del 13 novembre 1998 e del CAB S.p.A. con l'Assemblea del 14 novembre 1998, é stata accettata dalla Fondazione, che conferì al Presidente del Consiglio Direttivo ogni più ampia facoltà per dare esecuzione alla predetta deliberazione, con facoltà di intervenire alla stipula dell'atto notarile, avvenuta il 22 dicembre 1998.

Oltre ai mezzi finanziari rivenienti dalla rendita del patrimonio della Fondazione, é inoltre previsto che la UBI Banca, destini annualmente, in modo paritetico, contribuzioni a favore della Fondazione Banca San Paolo di Brescia e dell'"Istituto di Cultura Giovanni Folonari - Fondazione CAB".

Nel 2006 la Fondazione ha rilevato dal Banco di Brescia San Paolo CAB S.p.A. l’immobile denominato Villa Pirlo, già sede della Fondazione. Con tale acquisizione il Consiglio Direttivo ha inteso salvaguardare la proprietà della sede storica e garantire la continuità operativa alla Fondazione, attuando inoltre il primo investimento immobiliare, idoneo a differenziare la struttura patrimoniale dell’Ente.